การตรวจสอบภายใน เกิดขึ้นตั้งแต่ พ.ศ. 2505 ตามระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลังของกระทรวงการคลัง ที่กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการ
และผู้ว่าราชการจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน เพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายใน 

กระทรวงการคลังได้เสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอนุมัติในหลักการ ให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการอื่นที่เทียบเท่า
รวมถึงจังหวัดทุกจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการหรือของจังหวัดโดยเฉพาะ
โดยให้ขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการหรือผู้ว่าราชการจังหวัดแล้วแต่กรณี (รายละเอียดตามหนังสือสำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี
ที่ สร 0201/ว 78 ลงวันที่ 19 สิงหาคม 2519 เรื่อง การแต่งตั้งผู้ตรวจสอบภายในส่วนราชการ)

มหาวิทยาลัยซึ่งในขณะนั้นเป็น “มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา” ได้จัดให้มีหน่วยตรวจสอบภายในขึ้น
โดยดำเนินการตรวจสอบและจัดส่งรายงานผลการตรวจสอบไปยังหน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยนเรศวร (จังหวัดพิษณุโลก)
รวมถึงสนับสนุนข้อมูลต่าง ๆ กรณีที่วิทยาเขตได้รับการตรวจสอบ

เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2550 คณะกรรมการการอุดมศึกษามีมติเห็นชอบแนวทางการตรวจสอบการดำเนินงานของสถาบันอุดมศึกษา
และมีข้อเสนอแนะให้สภาสถาบันอุดมศึกษา จัดให้มีคณะกรรมการตรวจสอบประจำมหาวิทยาลัย
เพื่อสนับสนุนและส่งเสริมความเข้มแข็งในการกำกับดูแลและควบคุมตนเองของมหาวิทยาลัยตามหลักธรรมาภิบาล

มหาวิทยาลัยพะเยามีการปรับโครงสร้างการบริหารงานของหน่วยตรวจสอบภายในอย่างต่อเนื่อง ทั้งนี้ เพื่อเป็นการสนับสนุน
ให้การปฏิบัติงานตรวจสอบภายในมีประสิทธิภาพเพิ่มมากขึ้น โดยในปีงบประมาณ 2562 มีการปรับปรุงโครงการหน่วยงานย่อยระดับงาน
ภายใต้สำนักงานอธิการบดี โดยหน่วยตรวจสอบภายในเป็นหน่วยงานย่อยระดับงาน ภายใต้สำนักงานอธิการบดี ขึ้นตรงต่ออธิการบดี
เว้นแต่การแต่งตั้ง โยกย้าย ถอดถอน เลื่อนขั้น เลื่อนตำแหน่ง และประเมินผลงานของหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน
ให้เป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการตรวจสอบประจำมหาวิทยาลัย ซึ่งเป็นไปตามหลักเกณฑ์กระทรวงการคลัง ว่าด้วย
มาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ พ.ศ. 2561 

นางสาวสิริกานต์ จงถนอม

ปฏิบัติงานในตําแหน่งหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2548 ถึงวันที่ 9 พฤศจิกายน 2553

รักษาการในตําแหน่งหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่วันที่ 10 พฤศจิกายน 2553 ถึงวันที่ 30 ตุลาคม 2558

นางสุณิสา วรรณใหญ่

หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่วันที่ 2 พฤศจิกายน 2558 ถึงวันที่ 31 ธันวาคม 2561

นางอังคณา ปานเทือก

หัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่วันที่ 2 มกราคม 2562 ถึงวันที่ 15 กุมภาพันธ์ 2562

นางสาวพิมพ์จันทร์ บัณฑรพงศ์

รักษาการแทนในตําแหน่งหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน 16 กุมภาพันธ์ 2562 ถึงวันที่ 27 กุมภาพันธ์ 2563

รักษาการแทนหัวหน้าหน่วยตรวจสอบภายใน ตั้งแต่วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2563 ถึงปัจจุบัน